разрыв rdp соединения iptables

Вместо полного рестарта делать конкретные изменения, из-за которых понадобился рестарт. Может быть.

а там случаем conntrack не сбрасывается при рестарте?

IMHO без очистки conntrack соединение не должно рваться.

Перейти на fidewalld или научиться обновлять правила самому.

да стоял conntrack, спасибо

Не знаю что за ос, но предполагаю, может у нее кроме restart есть другие ключики типа reload которые conntrack не сбрасывают ?