Дефрагментация

они не фрагментируются

Нет и не будет

Они, конечно, фрагментируются, хотя и не так сильно как, скажем fat, а тулза есть, но лучше её не юзать - бета. а с чего ты взял, что у тебя фрагментация выше нормы?

Но когда то она может стать выше нормы ?

Система через 6 месяцев юзания как интранет сервер (Qmail, Apache, Mysql, etc.) стала сильно тормозить. И что, для RaizerFS тоже пока нет тулзов для дефрагментации?

IMHO лучше не выпендриваться, если считаешь что раздел фрагментирован, скопируй все временно в другое место, а потом обратно, это лучше чем парится с фиг знает какими программами