Theora + субтитры

Засунь theora в mkv. Это же просто контейнер.

ogmmerge file.avi file.srt -o file.ogg

Но матрёшка лучше во всех отношениях.

> ogmmerge file.avi file.srt -o file.ogg

Я сказал - Theora, какое там к чёрту .avi?

Да какая фиг разница, подставь .ogg вместо .avi.