О настройке SquirrelMail + GPG по-русски

Почему в статье рекомендуется 1.4.3cvs, а не 1.4.2-stable?

Потому что 1.4.х - это стабильная ветка, и в ней можно без проблем работать со снапшотами из cvs. А мелкие баги всё время отлавливаются, и мелкие улучшения всё время вносятся. См. changelog - там расписаны эти улучшения со времени выхода 1.4.2. Именно поэтому рекомендуется и снапшот модуля gpg, потому что в официальном выпуске 2.0 я столкнулся с некоторыми багами в коде JavaScript, и после переписки с автором и пробы снапшота убедился, что в снапшоте эти баги исправлены.

А шифрование пароля при подключении к почтовому серверу следует реализовать стандартными средствами SSL?

Да.